Após a distribuição, cabe a cada município organizar o agendamento e a aplicação das vacinas nos grupos prioritários, que atualmente englobam as fases 1 e 2 definidas pelo governo federal.

Essas 445.995 doses já foram disponibilizadas aos 14 Escritórios Regionais de Saúde espalhados por todo o estado, para que cada município promova a retirada.

Desse total, foram retiradas pelos municípios 373.291 doses. As prefeituras já aplicaram 220.794 (59,15%), sendo 158.240 como primeiras doses e 61.901 como segundas doses.

Na força-tarefa de vacinação, cabe ao governo estadual fazer a logística de distribuição, que é definida pela Comissão Intergestores Bipartite de Mato Grosso (CIB-MT), composta por membros do Conselho das Secretarias Municipais de Saúde (Cosems) e da Secretaria Estadual de Saúde (SES-MT).

A escolta dos materiais até os 14 polos de distribuição é feita pela Secretaria de Estado de Segurança Pública (Sesp), além das Polícias Federal e Rodoviária Federal e o Ministério da Defesa. Em alguns casos onde há necessidade, o Centro Integrado de Operações Aéreas (Ciopaer) disponibiliza sua frota aérea para dar celeridade à distribuição.

O governo federal é quem define o total de doses que cada estado recebe. Essa definição ocorre de acordo com a quantidade de pessoas que pertencem aos grupos prioritários, e não pela quantidade total da população. Ou seja, estados com maior número de idosos e profissionais de saúde recebem mais vacinas nesse primeiro momento.